Pierwszy odbył się w Gdańsku w lipcu 1961 roku i poświęcony był głównie problematyce metodologicznej. Wykłady i seminaria prowadzili między innymi J. Konopnicki, W. Okoń (kierownik kursu) oraz B. Suchodolski. Drugi kurs zorganizowano na przełomie 1962 i 1963 roku w Kudowie. Oprócz sprawozdań z działalności poszczególnych szkół eksperymentalnych, które były przedmiotem analiz w grupach specjalistycznych, omawiano tym razem założenia metodologiczne i dotychczasowe wyniki konkretnych eksperymentów szkolnych, np. w zakresie stosowania środków wzrokowo-słuchowych w pracy dydaktyczno-wychowawczej, zapobiegania powstawaniu opóźnień w nauce u uczniów, sposobów aktywizowania uczniów w nauczaniu początkowym, kształcenia politechnicznego itp. Ponadto uczestnicy kursu w Kudowie opracowali zasady działalności szkół eksperymentalnych i wiodących, które zostały następnie przeredagowane w Instytucie Pedagogiki i po wprowadzeniu odpowiednich poprawek wydane w formie zarządzenia ministra oświaty w dniu 20 lipca 1963 roku. Tak więc dopiero w trzecim okresie szkoły eksperymentalne znalazły u nas podatny grunt do swej działalności. W tym też okresie daje się zauważyć żywsze zainteresowanie eksperymentami szkolnymi ze strony poszczególnych placówek naukowych. „Na zewnątrz” zainteresowanie to przejawiało się w dwojakiej postaci: po pierwsze, sprowadzało się do opieki nad eksperymentami podejmowanymi z inicjatywy samych szkół, oraz po drugie, polegało na weryfikowaniu określonych koncepcji pedagogicznych opracowywanych przez poszczególne katedry i zakłady naukowe w szkołach i klasach eksperymentalnych.